La autoridad máxima de la Fundación es el Consejo de Administración. Los integrantes del mismo son votados por el CDC de la Universidad de la República a propuesta de la Comisión Directiva del PEDECIBA.
Actualmente el Consejo se encuentra integrado por:
Presidente: Dr. David González
Consejeros: Dras. Estela Castillo, Ivanna Tomasco y Lic. Tania García.